Türkiye ile ABD arasında gümrükler üzerinden önemli bir mücadele yaşanıyor. Alınan bilgilere göre, 11 Eylül saldırılarının ardından konsept değiştiren Amerika, yabancı ülkelerdeki gümrükleri kontrol altında tutmaya yöneldi. 'Konteyner Güvenlik Sistemi' adı verilen uygulama çerçevesinde limanlara kendi gümrüğünü kurmak isteyen Amerika, ülkesine gidecek tüm eşyaları daha çıkış noktasında denetlemek istiyor. Gerekçesi de, konteynerler içerisinde nükleer bomba ya da konvansiyonel silahların ülkeye sokulmasını engellemek. Bu amaçla 2 yıl önce Türkiye'den talepte bulunuldu. ABD'nin yerleşmek istediği ilk liman İzmir'di. Ardından İstanbul ve diğer limanlar gelecekti. Ancak Milli İstihbarat Teşkilatı, projeye karşı çıktı. Gümrük Müsteşarlığı ve Dış Ticaret Müsteşarlığı'na yazı yazan MİT, Türkiye'nin egemenlik haklarının ihlal edilebileceğini belirtti. Amerika'nın limanlarda casusluk faaliyetinde bulunmasından endişe ediliyor. Bu direnç sebebiyle proje 2 yıldır uluslararası anlaşma haline getirilemedi.