Savcılığın hazırladığı iddianamede Şık’ın “Türk Milletini, Türkiye Cumhuriyeti devletini, devletin kurum ve organlarını aşağılama” suçlamasıyla 2 yıla kadar hapsi istendi.
Şık’ın Cumhuriyet ana davası ile birleştirilen dosyasında yer alan belgelere göre AA muhabiri Kerem Kocalar, 28 Kasım 2015 tarihinde BİMER’e Ahmet Şık’ın Twitter hesabını ihbar etmişti. Kocalar, ihbar metninde “Sosyal medya hesabı olan Twitter üzerinden kendisini gazeteci olarak tanımlayan xxxxxxyandex.com mail adresli, Ahmet Şık isimli kişinin attığı twit’lere bakılmasını talep ediyorum. Çünkü adam alenen devleti tehdit ediyor ve bence teröre destek veren içerikler paylaşıyor. Sahmetsahmet kullanıcı adını kullanan şahsı Allah rızası için inceleyin” ifadelerini kullanmıştı