Görevi gereği uzun yıllar Ortadoğu ve Orta Asya'da bulunan Baer, Mart 1995'te Saddam Hüseyin'i devirmek için Irak Ulusal Meclisi Başkanı Ahmed Çelebi ve Kürdistan Yurtseverler Birliği lideri Celal Talabani'nin dahil olduğu CIA tarafından desteklenen bir darbenin de organizatörlüğünü yaptı. Irak'ın kuzeyindeki Zaho ve Selahaddin kentindeki iki CIA istasyonunu yöneten Baer, CIA peşmergeleri olarak bilinen Kürtleri de yanına alarak bölgeden ayrılmıştı.

Mossad da Kuzey Irak'ta çalışıyor

Bu dönemde bölgede etkin şekilde faaliyet gösteren bir diğer gizli servisin MOSSAD olduğunu anlatan Baer, "Bölgede kendisini Amerikalı olarak tanıtan birçok kişi vardı; fakat gerçek Amerikalılar bizdik. Dolayısıyla geriye kalanların büyük bir bölümünün MOSSAD'dan olduğu aşikârdı." diye konuştu.

Kuzey Irak'taki faaliyetlerinin Türk istihbarat birimleri tarafından da yakından izlendiğini söyleyen eski ajan, Türklerin kendisine müdahalede bulunmadığını anlattı. Ankara'daki karar vericilerin ABD'nin Irak meselesine bakışı konusunda ciddi endişeleri olduğunu ifade eden Baer, bu nedenle gerek Milli İstihbarat Teşkilatı (MİT) gerekse diğer istihbarat birimlerinin kendileriyle bilgi paylaşımına gitmediğini savundu. MİT'in Irak ve İran'da etkili olduğunu düşündüğünü dile getiren eski ajan, "Türkler ABD'nin Irak konusundaki niyetinden her zaman şüphe ettikleri için elde ettikleri bilgileri bizimle paylaşmadı. Fakat benim tahminim Türk gizli servisinin bölgede oldukça iyi olduğu yönünde." değerlendirmesinde bulundu. Baer'in kaleme aldığı "See No Evil" isimli kitap Hollywood tarafından 'Syriana' adıyla beyaz perdeye aktarılmıştı. ABD petrol şirketleri, istihbarat örgütleri ve hükümetler arasındaki ilişkileri konu alan "Syriana" filmi, gösterildiği dönemde büyük yankı uyandırmıştı. Petrol şirketlerinin Washington'ın dış politikasında belirleyici roller üstlendiğini dile getiren Baer, Irak'ın işgal edilmesinin altında yatan nedenin de terörle mücadele olmadığına inanıyor. Eski ajan, "Amerika için petrol her zaman çok önemlidir. Irak, İran, Suudi Arabistan... Petrol kimdeyse ABD orayla ilgilidir." değerlendirmesinde bulundu.

Görevinden 1997'de ayrılan Baer, 11 Mart 1998'de CIA tarafından Üstün Hizmet Madalyası'yla ödüllendirildi. CIA ajanı Robert Baer'in görevden ayrılmasının arkasında, Türkiye'deki önemli siyasilerin de içinde olduğu öne sürülen bir yolsuzluk skandalını ortaya çıkarmasının ardından yaşanan gelişmelerin yattığı öne sürülmüştü.