Gül hakkındaki iddialarda, dikkat çeken bölüm ise Dışişleri Bakanlığı görevi sırasında yayınladığı genelgede Büyükelçilerden Fethullah Gülen'in yurtdışındaki okullarla temas ve işbirliği yapmalarını istemesi yeraldı. Ayrıca, Leyla Şahin davasında AİHM gönderilen savunmanın AKP'yi zor duruma düşüreceği gerekçesiyle çekilmesi de iddianamede yeraldı.

Abdullah Gül ile ilgili iddianamede yeralan 10 iddia şöyle sıralandı :

1- Laik devlet yapısını değiştirerek yerine dini kurallara dayalı bir devlet kurmak amacıyla yasadışı örgüt kurup bu amaç doğrultusunda faaliyetlerde bulunmak suçundan hakkında dava açılan Fetullah Gülen isimli tarikat liderinin yurt dışında kurduğu okullar bir ticari şirket olarak değerlendirilip temas ve işbirliği yapılması, Abdullah Gül'ün Dışişleri Bakanı olduğu dönemde Bakanlığın genelgesi ile Büyükelçiliklerimizden istendi.

2- Dışişleri Bakanı Abdullah Gül, 2005 yılı Kasım ayında bir gazetecinin, Başbakan Erdoğan'ın, AİHM'nin türban kararını din alimlerinden görüş almadan vermesini eleştirdiği açıklamasını hatırlatarak, “AİHM kararından önce din bilginlerine danışması gerekir mi?” şeklinde soru sorması üzerine, “Bunu AİHM'ne sormanız gerekir. Sayın Başbakan'ın söylediği gayet açık. Mademki din ve inançlarla ilgili konular söz konusu, o zaman din bilginlerinden de görüş almak gerekir şeklinde düşüncelerini paylaşmış arkadaşlarla. Bunu farklı mecralara çekmenin bir anlamı yok. Buradaki tuzağı da gayet iyi görüyoruz biz. O açıdan bu konularla ilgili dikkatli hareket etmeye devam edeceğiz. İnanıyorum ki günü geldiğinde Türkiye kendi sorunlarını kendisi çözecek olgunluğa ulaşacak.” dedi.

3-Dışişleri Bakanı Abdullah Gül'ün, 2003 yılı Kasım ayında Roma'daki AB Troykası toplantısına giderken uçakta yaptığı söyleşide Avrupa Birliği İlerleme Raporu'nun demokrasi ve insan hakları alanlarındaki sorunlar listesinde türban yasağının dâhil edilmemesini eleştirdi.

4-2004 yılı Ekim ayında SKY-Türk televizyonunda soruları yanıtlayan Dışişleri Bakanı Gül, türban yasağının AB insan hakları standartları içinde bulunmayan bir yasak olduğunu ve günü geldiğinde bu yasağın Türkiye'de kalkacağından şüphe duymadığını belirtti

5- Dışişleri Bakanı Gül, BM İnsan Hakları Evrensel Bildirgesi'nin kabulünün 55. yıldönümü, “ifade ve inanç özgürlüğünde kararlıyız; herkes inandığını
yaşayabilmeli..Herkes güven içinde, korkudan, endişeden uzak olmalıdır. Düşündüğünü inandığını rahatlıkla ifade etmeli, inandığını rahatlıkla yaşayabilmelidir. İfade ve inanç özgürlüğü, işkenceden ve terörden tamamen arınmak, bizim hedefimizdir. Bununla ilgili yasal düzenlemelerin hepsi, kararlı şekilde gerçekleştirilmeye devam edilecektir” dedi.

- LEYLA ŞAHİN SAVUNMASINI GERİ ÇEKTİ-

6- AİHM'DE görüşülen Leyla Şahin davasında Hükümet adına Abdullah Gül'ün başında bulunduğu Dışişleri Bakanlığı kanalıyla gönderilen ve "Türbanın üniversitelerde laik eğitimle çeliştiği ve bağdaşmadığı, gericiliği teşvik ettiği, çağdaşlaşma yolunda bir geri adım niteliğinde bulunduğu, amacın modernleşme ve çağdaş görüntüyü korumak olup, siyasal simge haline getirilen başörtüsü, özgürlük sorunu değil politikacılar tarafından şeriat amaçlı kullanılmış bir olgu olduğu" görüşü dile getiren savunmayı AKP hükümetini zor duruma sokacağı gerekçesiyle geri çekti.

7- Gül, Akşam Gazetesi'ne verdiği mülakatta, “Düşünsenize ben toplumda hak ve özgürlüklerin gelişmesi için bu kadar mücadele vermişim, sonra da hayattaki en yakınım olan eşimin hakları için mücadele etmemem istenecek, böyle bir şey olabilir mi? AKP olarak türban konusunu biz fikir ve ifade özgürlüğü kapsamında görüyoruz ve değerlendiriyoruz. Ben bu türban konusunda en zor konumdaki insanlardan bir tanesiyim. Bu İnsan Hakları Mahkemesi'ndeki Leyla Şahin davası sürecinde de daha net olarak ortaya çıktı. Ben devletin görüşünü ve var olan kanunları savunmak zorundayım, bu yüzden vicdanım ile devlet işleri arasında sıkışıp kalıyorum. Ancak Türkiye'de insanlar baş örtülmesi işine fikir ve vicdan hürriyeti bağlamında bakmaya başladıklarında benim gibi insanların vicdanları ile devlet kuralları arasında sıkışıp kalması da sona erecektir. Buna inanıyorum.” dedi

8- Gül, 2005 yılı Kasım ayında AİHM'nin türbanla ilgili Leyla Şahin kararı üzerine görüşlerini; “Bu, yasakların devam ettiği anlamına gelmez. Bunun ötesinde bu, Türkiye'nin kendi sorunudur. Bu tip yasaklarla Türkiye'nin bir yere gitmesi mümkün değildir. Türkiye'de azınlıkların dini hakları, özgürlükleri söz konusu olurken, çoğunluğun hak ve hukukuyla ilgili konularda eğer kısıtlamalar varsa, bunlar savunulacak işler değildir. O açıdan hep beraber günü gelecektir ki, bunların hepsi kendi inisiyatifimizle temizlenecektir.…İleride görürsünüz, yapılır mı, yapılmaz mı? Bu bir turnusol kağıdı gibi; kimin ayrımcılığı, kimin yasakçılığı savunduğu görülmektedir. Hükümet yasakları kaldırmakta kararlıdır. 3-4 sene önce neredeyse başörtülü insanlara Kızılay'ı (Kızılay Meydanı) bile yasak edeceklerdi. Bugün öyle mi? Bunlar şüphesiz ki, hâlâ tam bir demokratik ülkede olması gereken özgürlüklerin kullanıldığı anlamına gelmiyor." şeklinde açıkladı.

9- Gül, 2005 yılı Kasım ayında, “Türkiye'de kadınların yüzde 70'e yakını başörtüsü kullanırken, hâlâ üniversitelerde, birçok yerlerde ne yazık ki sıkıntılar var. Ama bunları kesinlikle unutmuş değiliz, bunu açık söyleyeyim. Önce bu sıkıntıyı kendi evinde yaşayan insanlar olarak böyle bir şey söz konusu olabilir mi? Gittiğim yerlere eşimle davet ediliyorum. Zirve toplantıları da dahil, en ufak protokol sıkıntısı çekiyor değilim. Eşime uygulanacak protokol ne ise o uygulanıyor. En ufak bir sıkıntı görülmüyor. Milli Eğitim Bakanlığımız'ın bu adaletsizlikleri (katsayı) gidermeye yönelik çalışmaları var, tahmin ediyorum bu uygulamalar bu yıl geçerli olacak. Bir Anayasa değişikliği olmadan YÖK'te reformları gerçekleştirmek mümkün değil. Türkiye'nin her tarafında reformlar olurken, "Üniversite dokunulamaz, YÖK dokunulamaz" demek çok mantıksız, kabul edilemez bir şey” şeklinde konuştu.

10- Danıştay 2. Dairesi'nin türbanla okula alınmayan müdür Aytaç Kılınç'a ilişkin kararı ile ilgili olarak Gül : “Doğrusu bunu kaygıyla karşılıyorum ve hayretler içinde kaldık. Bu yaklaşımın altında negatif özgürlükler anlayışı vardır. Bu anlayış bildiğiniz gibi otoriter, diktatör rejimlerin felsefesidir. Halbuki Türkiye giderek demokratikleşen, bireyin, toplumun haklarının daha da genişletilmesine doğru bir yöneliş içindedir. Bu, Türkiye'nin yönelişine ters bir karardır”… “Bizim anlayışımız hep pozitif özgürlüklerden yanadır. Bu açıdan kararı yanlış ve tehlikeli görüyorum… “Çünkü görebildiğim