Cumhurbaşkanlığı tarafından yapılan açıklama şöyle:

"Anayasanın 104 üncü maddesinin ikinci fıkrasının (b) bendine göre “sürekli hastalık, sakatlık ve kocama sebebi ile belirli kişilerin cezalarını hafifletmek veya kaldırmak” Cumhurbaşkanının yürütme alanına ilişkin görev ve yetkileri arasında bulunmaktadır.

Cumhurbaşkanlarının bu yetkisi sadece hürriyeti bağlayıcı cezaların hafifletilmesi veya kaldırılması ile ilgili olup yukarıda sayılan durumdaki hükümlüleri kapsamaktadır.

Cumhurbaşkanları bu yetkilerini, kendiliğinden değil, hükümlünün söz konusu şartlara uyup uymadığını belirleyen Devlet hastanesince verilen sağlık kurulu raporu ve bunu teyid eden Adlî Tıp Kurumu raporlarına dayanan Adalet Bakanlığının ilgilinin dosyasını Cumhurbaşkanlığı Genel Sekreterliğine sunması üzerine kullanmaktadır.

Affa ilişkin bütün işlemler ise, hükümlünün veya avukatlarının ilgili Cumhuriyet Başsavcılığına yaptığı müracaat üzerine savcılıklar tarafından yürütülmekte ve bu şekilde tekemmül ettirilen dosyalar Cumhurbaşkanının takdirine sunulmaktadır.

Bu sebeple, basın ve yayın organlarında isimleri geçen, ancak yukarıda belirtilen işlemleri tamamlanmadığı ve dosyaları Cumhurbaşkanlığına intikal ettirilemediği için durumları Sayın Cumhurbaşkanımız tarafından değerlendirilemeyen bazı kişilerden söz ederek çifte standart iddiasında bulunmak iyiniyetten uzaktır ve bu ithamlar kamuoyunu bilinçli olarak yanıltmayı amaçlamaktadır.

Diğer taraftan, yukarıda da açıklandığı gibi, bu yetki sadece ilgilinin hürriyeti bağlayıcı cezasının hafifletilmesini veya kaldırılmasını kapsamaktadır. Bu sebeple, adı geçenin, hakkında devam eden hukuk davasında ödemesi istenen Hazine alacağının da affedildiğine ilişkin yorum ve değerlendirmeler gerçeğe aykırıdır.

Sayın Cumhurbaşkanımızın Anayasadan kaynaklanan söz konusu yetkisini kullanması dolayısıyla yapılan bazı değerlendirmelerde de, “aynı davada yargılandığı” veya “sanık olduğu davadaki” hükümlüyü ya da kendisini affettiği gibi, tamamen gerçek dışı, mesnetsiz ve hukuka aykırı iddialara yer verilmektedir.

Öncelikle Sayın Cumhurbaşkanımız bu göreve seçilmelerinden önce de söz konusu ceza davasının sanığı değildir. Anılan dava, kapatılan Partinin Genel Başkanı, iki Genel Başkan Yardımcısı ve Genel Muhasibi ile 71 il yöneticisi hakkında açılmıştır. Üstelik dava neticesinde, Genel Başkan Yardımcıları ile Genel Muhasibin suça konu herhangi bir eylemlerinin olmaması sebebiyle beraatlerine karar verilmiştir. Bu itibarla, o tarihte dış ilişkilerden sorumlu genel başkan yardımcısı olan, malî konularla hiçbir ilgisi bulunmayan ve beraat eden bu kişilerden farklı bir durumda olmayan bir kişinin, sanığı olmadığı ve yargılanmadığı bir davadan dolayı suçlu gibi gösterilmeye çalışılması hiçbir hukukî ve ahlâkî ilkeyle bağdaşmamaktadır.

Kaldı ki, Sayın Cumhurbaşkanımızın milletvekili olarak görev yaptığı dönemde, dokunulmazlığının hukuk davası açılmasına engel olmaması sebebiyle Maliye Bakanlığı tarafından söz konusu Hazine alacağının tahsili için diğer kişilerle birlikte hakkında tazminat davası açılmış; Genel Başkan Yardımcısı sıfatıyla görevinin sınırları gözönünde bulundurularak, malî konularda sorumluluğunun bulunmaması sebebiyle davanın reddine 19 Nisan 2007 tarihinde, yani Cumhurbaşkanı seçilmeden önce karar verilmiştir.

Bu sebeplerle, söz konusu af kararı ile ilgili olarak Sayın Cumhurbaşkanımız hakkında yapılan gerçeğe aykırı yorum ve değerlendirmelerin kamuoyunu yanıltma ve Cumhurbaşkanlığı makamını yıpratma amacına yönelik olduğu düşünülmekte ve bu yöndeki yayınlar iyiniyetle bağdaştırılamamaktadır. "