Yabancı ülkede çalışan işçi statüsünde bedelli olarak askerliğini yapan Akdoğan'ın aynı sürede Türkiye'de de sigortalı olarak çalıştığını tespit eden ASAL, Kuşadası Belediye Başkanı'nı kalan 14 aylık süreyi tamamlamak için askere çağırdı. Polis tarafından her yerde aranan Kuşadası Belediye Başkanı Fuat Akdoğan ise yerine belediye meclis üyesi Abdullah Sarı'yı vekil olarak bıraktıktan sonra ortadan kayboldu. Hakkında celp kararı çıkan Akdoğan'ın polis ve jandarma tarafından arandığı öğrenildi.
Fuat Akdoğan'ın askerlik görevini sahte belgelerle yaptığına ilişkin ilk iddia 1994 seçim döneminde belediye başkan adaylarından Lütfi Suyolcu tarafından gündeme getirildi. Bu dönemde ve sonrasında yapılan ihbarları değerlendiren ASAL, Akdoğan'ın Avusturya'da çalıştığını beyan ettiği şirketle, Kuşadası'nda babasına ait şirketlerden resmi olarak bilgi istedi.
Gönderilen yanıtlarda Akdoğan'ın 1985 yılında bedelli askerlik yapmak üzere başvurduğunda ve yurt dışında olduğunu beyan ettiği süreçte, Türkiye'de ve babasının şirketinde sigortalı olarak çalıştığı saptandı. Bunun üzerine harekete geçen ASAL, Kuşadası Askerlik Şubesi'ne bir yazı göndererek, vatani görevini 22 yıl önce Burdur'da bedelli olarak yapan Akdoğan'ın tekrar askerlik hizmeti yapmak üzere çağrılmasını istedi. Kuşadası Askerlik Şubesi de Kuşadası Kaymakamlığı'na başvurarak Akdoğan'ın polis kanalıyla kendilerine teslim edilmesini istedi.
Akdoğan'ın, bulunup askerlik şubesine teslim edildiğinde hakkındaki suçlamalar sabit görüldüğü taktirde, resmi makamları yanıltmak, askerlik görevinden kaçmak, eksik yapmak suçlarından askeri mahkemede yargılanacağı, 14 ay daha askerlik yapacağı belirtildi. Akdoğan'ın belediye başkanlığının da düşeceği kaydedildi. Kuşadası Belediye Başkanı Fuat Akdoğan, danışmanları kanalıyla Askere Alma Dairesine elindeki tüm belgeleri teslim edip kendini aklamaya çalışıyor. Halen arandığı için kaçak olduğu ileri sürülen Kuşadası Belediye Başkanı Fuat Akdoğan, danışmanları aracılığıyla ve kendi imzasını taşıyan basın açıklaması yaptı. Akdoğan yaptığı basın açıklamasında, 1982 yılında şirketlerinin Avusturya şubesinde rehber ve pazarlama sorumlusu olarak görevlendirildiğini belirterek, "Avusturya devletinden resmi oturma izni aldım. Avusturya sosyal güvenlik kurumundan çalışma izni aldım. Ve her yılımı belgelendirdim. O dönemde yürürlükte olan yasalar gereği bu çalışmalarımı belgelendirerek bedelli askerlik yapmak üzere başvurdum. Konsolosluğumuzca yapılan incelemede gerekli şartları taşıdığım kabul edilerek 14 Aralık 1985 günü Burdur'da askeri birliğime teslim oldum. 14 Şubat 1986 günü askerlik yükümlülüğümü tamamladım'' ifadelerine yer verdi.
Aynı anda iki ülkede çalışıyor gibi görünmesinin babasının hatasından kaynaklandığını savunan Akdoğan açıklamasının devamında "Gerek askerlik sürem boyunca, gerekse de Avusturya'da olduğum sürede babam 'oğlumun sigorta hakkı yanmasın' düşüncesi ile Türkiye'de primlerimi yatırmış. Kaldı ki askerlik sonrası da Avusturya'da geçirdiğim üç yılda burada sigorta primlerimin yatırılmasına devam edilmiş. 1994 seçimlerinden önce siyasi rakiplerimin şikayeti üzerine ben ve rahmetli babam ifade verdik ve hiçbir olumsuzluğun yaşanmadığı tespit edildi. Ancak ASAL bir şikayet üzerine 2006 yılında başlattığı yeni bir soruşturmada Türkiye'de sigorta primi ödenmesini, Türkiye'de bulunduğum anlamına geldiği şeklinde değerlendirmiş. Askerlik görevimi eksik yaptığım gerekçesiyle askere davet edildim. Askerliğim konusunda en ufak şüphem yok. Sunduğum tüm belgeler gerçek ve asıl belgeler. Gerektiği taktirde yasal süreç başlatarak yüksek askeri idare mahkemesine başvuracağım" dedi.
Akdoğan, askerlik yaptığını kanıtlayan fotoğraf ve belgeleri de yine danışmanları aracılığı ile basın organlarına dağıttı.